De acuerdo a su Estatuto, la Federación es dirigida y administrada por la Asamblea de Entidades Primarias, el Consejo Directivo y la Mesa Ejecutiva.
La Mesa Ejecutiva estará integrada por un Presidente, un Vicepresidente, cinco Secretarios encargados de ejercer la titularidad de cada una de las secretarías y tres secretarios suplentes.
La Asamblea de Entidades está conformada por representantes de cada una de las Entidades Primarias integrantes de la Federación Médica.
El Consejo Directivo está formado por el Presidente, el Vicepresidente y por 35 consejeros de cada una de las diez Circunscripciones que integran la Federación Médica y electos por los representantes de las Entidades Primarias que jurisdiccionalmente pertenezcan a cada una de ellas.
